Гданьск впервые упоминается в летописи в 997 году в связи с миссией святого, родом из Чехии, Адальберта (Войцеха) в Пруссию. Однако по данным археологических раскопок, поселение на месте Гданьска существовало уже в пятом веке.
Городской, а также портовый, комплекс начал всерьез развиваться во второй половине десятого века. В Гданьске, управляемом династией поморских князей, коренное славянское население сосуществовало с растущим числом прибывающих с запада купцов и ремесленников. В XII веке это уже должно было быть весьма многочисленное по тем временам поселение.
Благодаря стараниям князя Свентопелка II Великого Гданьск получил от Любека права города.
14 ноября 1308 года Гданьск был захвачен рыцарями Тевтонского (Немецкого) ордена и был присоединён к Пруссии. Город был переименован в Данциг.
В 1466 году, после окончания Тринадцатилетней войны Тевтонского Ордена с Польшей, в ходе которой Орден потерпел поражение, Гданьск был воссоединён с Польшей и ему было возвращено его первоначальное название.
В 1580 году известнейшая протестантская школа, расположенная в постфранцисканском монастыре в Старом Пригороде, получила статус Академической Гимназии и с тех пор является предметом гордости города.
В 1793 году, в результате раздела Польши, Гданьск достался Пруссии и снова стал Данцигом.
Захваченный французами в 1807 году, Гданьск хоть и получил статус Вольного Города, но это продлилось лишь до 1814 года.
Следующие четыре десятка лет привычно называют периодом великого кризиса, упадка и экономической катастрофы города. Лишь в шестидесятых годах XIX века начинаются серьезные изменения.
После Первой мировой войны Гданьск по Версальскому мирному договору (1919) получил статус вольного города и находился под управлением Лиги Наций.
Тридцатые годы XX века в Гданьске процветал фашизм и террор. Особенно болезненно это ощутили на себе работники Польской Железной Дороги и Польской Почты, общественные и политические деятели, польские ксендзы и учителя, а также местные евреи.
Захваченный в марте 1945 года войсками II-го Белорусского Фронта, Гданьск вскоре превращается в море руин. К счастью, после разрушителей пришли строители, архитекторы и художники, чтобы в течение нескольких очередных десятков лет возвращать городу его блеск.
Гданьск неизменно, в течение всего послевоенного времени, оставался синонимом свободолюбивых стремлений и склонностей поляков.
В 1997 году Гданьск торжественно отпраздновал тысячелетие, почтя своего покровителя Св. Войчеха, благодаря которому тысячу лет тому назад впервые было записано название города на Мотлаве.