Первый музей о истории города был открыт в 1932 году. Это был музей истории округа Прейсиш-Эйлау, располагавшийся в здании, переданном городу помещиком Валентини. Первый владелиц этого имения в 1817 году в честь своей жены назвал его «Генриеттенхоф» (Двор Генриетты).
Инициатором открытия музея были жители города, директор гимназии имени Шарихорсв господин Сиверс и государственный чиновник Штайнхайзен. Экспозиции музея располагались на восьми этажах здания и охватывала период истории края от каменного века до событий первой мировой войны.
В послевоенное время здание было разобрано, в нынешнем Багратионовске не сохранилось даже следов этого здания, а судьба немецкой музейной коллекции неизвестна.
11 сентября 1993 года в здании бывшего окружного управления, построенного в Прейсиш-Эйлау в 1901 году по проекту известного берлинского архитектора Бёли, в единственном тогда зале, открылась постоянная экспозиция Багратионовского музея о истории края.
Благодаря энтузиазму сотрудников музея, помощи друзей музея, началось активная работа по сбору материалов по истории края. Обследовались руины старинных замков и поля былых сражений, организовалось сотрудничество с другими музеями, частными коллекционерами и антикварными магазинами. Все это дало возможность пополнить музейную коллекцию.
18 мая 1994 года, к Международному дню музеев, открылся второй зал музея.
10 февраля 1995 года открылся третий зал музея, посвященный 50-летию вхождения в Прейсиш-Эйлау советских войск.
В сентябре 1996 года, к 50-летию образования Багратионовского района, в новом зале открылась выставка «Путь длиною в 50».

В первом зале можно узнать о наших давних предшественниках на этой территории – носителях культуры шнуровой керамики, о прусской земле Натангии, о замках и церквях Тевтонского ордена, находившихся на территории нынешнего Багратионовского района, и, конечно, о начале истории города Прейсиш-Эйлау.
Второй зал посвящен сражению при Прейсиш-Эйлау, состоявшемуся 7-8 февраля 1807 года. Здесь можно увидеть уникальные экспонаты - находки с поля сражения: пуговицы русских и французских солдат, картечь, пули и фрагмент французского ружья, а также пушечные ядра разных размеров. Здесь же можно получить информацию о достопримечательностях города, связанных со сражением. К 200-летию сражения экспозиция второго зала пополнилась коллекцией наград России, Франции и Пруссии начала XIX века, а также копиями и муляжами обмундирования и вооружения солдат противоборствующих армий.
Экспозиция третьего зала продолжает тему наполеоновских войн в Восточной Пруссии. Здесь представлены подлинные предметы: холодное и огнестрельное оружие, детали униформы и снаряжения русской и французской армий начала XIX века, картины, рисунки, гравюры с батальными сценами.
В четвертом зале постоянной экспозиции Музея нашли отражение страницы века двадцатого. Здесь можно узнать о двух Восточно-Прусских операциях: 1914 и 1945 годов, познакомиться с бытом городка Прейсиш-Эйлау между двумя мировыми войнами. Начало российской истории Прейсиш-Эйлау - Багратионовска можно проследить по документам и фотографиям, бытовым предметам первых переселенцев.

Официальный сайт музея: www.bagrat-museum.narod.ru
Адрес музея: Калининградская область, город Багратионовск, ул. Калининградская, д. 10.